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Mantener un sistema a muy largo plazo es mas complejo de lo que parece. Te intento resumir un poco. Uso una mezcla de principios de higiene y software para mantener manejable el nivel de caos.
-- Intentar instalar solamente paquetes de los repositorios oficiales en la medida de lo posible
-- Nunca intentar instalar formatos de paquetes que no estén soportados por la distro
-- evitar a toda costa software de winbugs que necesites correr con wine o similares
-- si quieres correr juegos de winbugs con steam o usar emuladores de consolas create un partición y una distro aparte solo para eso
-- Para probar cualquier cosa que se instale con git, pip o npm sin ensuciar uso Distrobox, es mágico.
-- Para compilar cosas e instalarlas en el sistema de forma limpia y mas o menos definitiva uso Checkinstall o Porg.
-- Para limpiar la basura acumulada con el tiempo uso BleachBit.
-- rematar la limpieza usando rmlint de vez en cuando
Así con mucho cuidadin y paciencia igual no hace falta reinstalar el sistema nunca.