tanto el nginx como el servidor apuntan a los directorios normales de let's encrypt
En el docker compose pongo:
volumes:
- /etc/letsencrypt/live/[dominio]/fullchain.pem:/etc/letsencrypt/live/[dominio]/fullchain.pem
Ya he visto lo que era. El usuario del contenedor no tenía permisos al fichero en el /etc/letsencrypt/srchive/ al que apunta el link simbólico del /etc/letsencrypt/live/.