統合元のSkinned Mesh Rendererまたはその親の表示・非表示にかかわるアニメーションがある場合にのみ発生するはずです。
(一時期MAがオンオフを実際には切り替えないアニメーションを精製していたことがありますがいったん解決した記憶があります。再発している可能性は否定できませんが。)
詳しい状態が知りたいので https://vpm.anatawa12.com/avatar-optimizer/ja/docs/bug-report-helper/ でレポートファイルを作成して送っていただきたいです。
