No estoy discutiendo que la hora no pertenezca al SI, que lo hace. Son 3600s.
El W·h, por mucho que sea un compuesto de unidades del SI, J/s·3600s, no pertenece a él. 1kW·h = 3,6 MJ si despejas las unidades temporales como tienes que despejarlas.
No soy ingeniero, pero la unidad temporal ahí me ha molestado 40 años.